En las montañas de Ararat, Turquía, donde según la Biblia cayó el arca de Noé, un grupo de investigadores deja de dar señales de vida. Se trata de una patrulla de Arcam, una organización ocupada de buscar los enigmas de antiguas civilizaciones extinguidas, y cuyos miembros se hacen llamar ´Spriggan´. Paralelamente, una poderosa fuerza magnética surge de la montaña provocando la desaprición de tres satélites militares estadounidenses. En Japón, seis meses más tarde, el Spriggan Yu Ominae recibe un anónimo mensaje - bomba con el texto: "Noé será tu tumba". Rápidamente se dirige a la Delegación Japonesa de Arcam, donde junto a un nuevo mensaje "Tu hora se aproxima" encuentra una foto de los cuerpos de los investigadores de Ararat con muestras de haber sido víctimas de un ataque.

Dans un univers parallèle, la ville de Jesus Town est menée de main de fer par Gurjev qui contrôle les forces de police dirigées par le robot Mickael. C'est alors que survient Hakaider. Robot doté de capacités de combat le rendant redoutable, il entre de force dans la ville et cherche à attaquer Gurjev. Sa route croise alors celle d'un groupe de rebelles...

Después de regresar de la Sociedad de Almas y estando en el mundo humano, específicamente en la ciudad Karakura, Ichigo Kurosaki y Rukia Kuchiki son atacados por una gran cantidad de almas desconocidas. Mientras Ichigo y Rukia peleaban contra estos espíritus, aparece un shinigami llamado Senna, una chica de pelo morado y ojos anaranjados, quien destruye fácilmente a los espíritus con su shikai. Como Senna niega responder pregunta alguna por parte de Ichigo, se ve obligado a seguirla.